福建农科院罗土炎团队：首次完成大黄鱼锥体虫染色体水平无缺口参考基因组组装
重大科研突破，首次完成大黄鱼锥体虫染色体水平无缺口基因组，对水产养殖病害防控有重要价值，但时效性稍差。
近日福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所科研团队牵头，联合海南大学、福建省水产技术推广总站等单位，在海水养殖病害基础研究领域取得突破性进展，首次完成大黄鱼锥体虫染色体水平无缺口完整基因组组装，填补该寄生病原高质量基因组研究空白。组装获得总长51.04Mb的高质量参考基因组，拆分锚定35条拟染色体，97.96%序列定位至染色体；25条染色体实现端粒至端粒无间断完整组装，识别58组端粒特征重复序列；测序序列回贴率99.99%，基因组完整度BUSCO指标突破99%，共注释10172个蛋白编码基因，重复序列占比50.33%。该研究为我国大黄鱼养殖病害绿色防控筑牢基因数据底座，相关研究论文于2026年7月9日在线发表于国际知名期刊《Scientific Data》。
大黄鱼是我国重要的海水养殖经济鱼类，福建为全国大黄鱼核心养殖产区。近年来，大黄鱼锥体虫病在沿海养殖水域频发，染病鱼体普遍出现贫血、鳃部发白、脾脏肿大、体表出血溃烂等病症，病害暴发极易造成养殖大面积减产。
长期以来，国内外针对鱼类锥体虫的研究仅局限于形态观测、单一基因片段比对等浅层分析，缺乏染色体层级完整基因组资源，严重制约病害致病机理、病原进化、宿主适应等核心科学问题深度攻关。大黄鱼锥体虫35条拟染色体Hi-C互作热图为破解产业发展瓶颈，研究团队整合PacBio HiFi高精度长读长测序、Hi-C染色质构象捕获前沿技术，系统开展大黄鱼锥体虫全基因组解析。本次组装获得总长51.04 Mb的高质量参考基因组，拆分锚定35条拟染色体，97.96%序列定位至染色体；25条染色体实现端粒至端粒无间断完整组装，识别58组端粒特征重复序列。数据校验显示，测序序列回贴率99.99%，基因组完整度BUSCO指标突破99%，共注释10172个蛋白编码基因，重复序列占比50.33%，组装连续性、精准度、完整性均达到国际顶尖标准。
大黄鱼锥体虫染色体水平基因组Circos图依托完整基因组数据，团队开展跨物种比较基因组学解析，厘清大黄鱼锥体虫在锥体虫属的系统演化地位，甄别得到515个显著扩张基因家族。功能富集分析表明，扩张基因集中作用于病原与宿主互作、免疫逃逸、物质代谢、细胞信号传导等关键通路，为揭示寄生虫适应海水养殖环境、诱发鱼类病害的内在分子机制提供关键理论依据。