湖北省农科院 参考基因组

湖北省农业科学院果树茶叶研究所联合中国科学院华南植物园、十堰市经济作物研究所等单位,在《Scientific Data》发表题为De novo haplotype-resolved genome assembly of the endemic kiwifruit Actinidia hubeiensis的研究论文,首次为湖北特有的珍稀濒危野生猕猴桃——湖北猕猴桃(Actinidia hubeiensis)构建单倍型分辨的高质量参考基因组。湖北猕猴桃早在1978年于湖北宜昌被首次采集并正式命名,长期仅依靠国家猕猴桃种质资源圃中极少数植株进行迁地保存,野外种群一度难觅踪迹。团队综合运用PacBio HiFi三代测序、Hi-C染色体构象捕获技术以及果实、茎、叶多组织转录组测序等技术,构建该物种单倍型分辨基因组,两套单倍型基因组大小分别为658.03 Mb和597.19 Mb,contig N50达23.16 Mb和20.89 Mb,BUSCO完整度均超99%,LTR组装指数最高21.67,达到金标准参考基因组质量水平,碱基错误率极低(QV均超过40)。