中国农科院蔬菜花卉所 黄瓜 泛基因组

研究组装 125 份黄瓜高质量基因组，构建迄今规模最大、质量最高的黄瓜泛基因组。系统刻画结构变异与基因拷贝数变异的全貌，发现 CsFT 串联重复变异是驱动黄瓜早花适应的遗传基础，并首次克隆了参考基因组中已"隐性丢失"的黑星病抗性基因 CsCcu。

中国农科院蔬菜花卉所牵头联合青岛农业大学及国内外多所高校,完成三大核心成果:建成全球规模最大、质量最优的黄瓜泛基因组公共资源,填补黄瓜完整遗传变异数据库空白;成功克隆CsFT、CsCcu、CsSPL1三大具备极高育种价值的功能基因,可快速开发配套分子标记,直接应用于早熟、抗病、优质果型黄瓜新品种定向选育;建立'高质量泛基因组构建+亚群体分层关联分析+基因编辑功能验证'的完整标准化研究流程。中国科学院院士钱前评价,该研究打通基因组结构变异与农艺性状的关联通路,挖掘抗病、果长关键功能基因,为黄瓜精准分子育种筑牢基础。

中国农科院蔬菜花卉研究所张圣平研究员团队联合青岛农业大学在国际期刊《自然·遗传学》发表论文,建成当前规模最大、组装质量最优的黄瓜染色体级泛基因组。整合全球422份黄瓜种质重测序数据,筛选125份代表性材料完成染色体水平基因组组装,新增28890个此前从未被报道的非冗余新基因。依据全基因组SNP标记将全球黄瓜划分为印度、西双版纳、欧亚、东亚四大地理类群,系统解析结构变异调控黄瓜地域适应与农艺性状分化的遗传机制,成功克隆黑星病抗性基因CsCcu与果长调控基因CsSPL1,为我国蔬菜种业自主创新提供核心理论支撑与可复制技术范式。