#转录组

中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队开发了一套家畜全基因组等位基因特异性表达分析新方法,解码猪基因表达调控密码。团队分析了公共数据库中6020份猪转录组数据,覆盖34个品种、42种组织,发现猪基因组中存在超30万个等位基因特异性表达位点,且不同组织、不同品种间差异显著。西方瘦肉型猪集中在生长和产肉相关基因,中国地方猪集中在脂肪沉积和繁殖相关基因。相关数据和方法已完整开源。研究成果发表在《基因组生物学(Genome Biology)》上。

上海市农业科学院助理研究员杨航和副研究员闫影为论文共同第一作者,时振英研究员和吴书俊研究员为共同通讯作者,在《JIPB》发表论文'The multifaceted regulatory network of microRNA396'。文章系统综述了 miR396 在植物发育调控与逆境响应中的功能:在水稻、大豆等作物中,调控 miR396 或解除其对部分 GRF 的抑制可显著影响粒型、粒数、穗部结构和最终产量。研究得到上海市自然科学基金、上海市科技兴农技术创新项目资助。

原文标题: Artificial Intelligence Empowering Modern Agricultural Biological Breeding。作者: 徐启玉、郑波、钟上威（北京大学现代农业研究院、潍坊市科技创新促进中心、北京大学生命科学学院）。DOI: 10.12133/j.smartag.SA202602016。本文系统探究AI驱动植物育种范式变革的底层逻辑，梳理智慧育种的代际演变及其在表型解析、基因组预测和分子设计等关键环节的技术进展，并深入探讨育种大模型对育种全流程的重构作用，以期为中国种业科技实现自立自强提供理论参考。重点阐述AI在种质资源高效挖掘、高通量表型精准解析、全基因组选择模型预测及分子设计育种等关键环节的技术逻辑与实证案例，并针对跨学科数据壁垒、深度学习算法的可解释性不足、复杂变动环境下的模型泛化能力弱等核心挑战进行了深入分析。

近日福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所科研团队牵头，联合海南大学、福建省水产技术推广总站等单位，在海水养殖病害基础研究领域取得突破性进展，首次完成大黄鱼锥体虫染色体水平无缺口完整基因组组装，填补该寄生病原高质量基因组研究空白。组装获得总长51.04Mb的高质量参考基因组，拆分锚定35条拟染色体，97.96%序列定位至染色体；25条染色体实现端粒至端粒无间断完整组装，识别58组端粒特征重复序列；测序序列回贴率99.99%，基因组完整度BUSCO指标突破99%，共注释10172个蛋白编码基因，重复序列占比50.33%。该研究为我国大黄鱼养殖病害绿色防控筑牢基因数据底座，相关研究论文于2026年7月9日在线发表于国际知名期刊《Scientific Data》。

近日中国农业科学院农业资源与农业区划研究所联合多家协同单位，针对我国南方灌区土壤酸化加剧、制约水稻产能提升的产业痛点，系统揭示了氮沉降、作物吸收、酸雨输入、有机酸代谢「四维」驱动机制，提出分区分类的改良对策。该研究为南方红壤区酸化耕地治理与产能提升提供原创理论与靶向技术支撑。依托中国农科院集中突破机制，研究成果已在江西、湖南、广东三省红壤区开展田间试验示范，为保障国家口粮绝对安全和南方灌区绿色发展贡献农科方案。

河南省农科院中药材所团队整合长读长、短读长与构象互作测序，构建野生山药染色体级参考基因组，单倍体约430.73Mb，94.33%序列锚定到20条假染色体，首次确认其为同源六倍体并揭示薯蓣属两次多倍化事件。

中国农业科学院兰州兽医研究所口蹄疫防控技术创新团队系统阐明了DDX5作为新型IRES反式作用因子调控FMDV-IRES依赖性翻译和基因组复制的双重分子机制。研究发现DDX5能够直接结合FMDV IRES的D4结构域抑制80S核糖体起始复合物的组装，同时与病毒RNA聚合酶3Dpol和3'UTR发生相互作用干扰病毒基因组的复制。病毒利用前体蛋白3ABCD经蛋白酶3Cpro切割DDX5以此拮抗宿主的抑制效应从而确保自身有效复制。成果发表于《病毒学杂志》。

福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所罗土炎研究员团队，联合海南大学、福建省水产技术推广总站等单位，首次完成大黄鱼锥体虫染色体水平、无缺口全基因组组装。相关成果于 2026 年 7 月 9 日在线发表于国际期刊 Scientific Data。联合研究团队最终获得总长度约 51.04 Mb 的高质量参考基因组，并组装为 35 条拟染色体，共预测出 10172 个蛋白编码基因。