PlantID: A Flexible Unique Identifier Framework for Plant Phenotyping

方法

综述UID策略，设计语义化UID结构并开发开源标签设计器生成二维码/条码。

发现

PlantID可提升样本可追溯性、数据互操作性及表型数据集长期复用价值。

机会点

可将PlantID与田间物联网、多组学数据平台集成，探索跨实验的标识符自动解析与FAIR化数据共享。

植物表型实验日益整合多种数据类型，包括实物样本、图像衍生性状、环境测量数据以及多组学数据集。随着实验复杂性的增加，维持单株植物、采集样本与下游分析产出之间的可追溯性已成为一项重大挑战。尽管MIAPPE（植物表型实验最低信息标准）和FAIR原则（可发现、可访问、可互操作、可重用）等社区标准为元数据报告和互操作性提供了指导，但在活跃实验过程中实施样本级标识符的实用建议仍然有限。在此，我们提出PlantID，一个专为植物科学研究设计的灵活唯一标识符（UID）框架。PlantID提供了一套原则和实用指南，用于开发一致、可扩展且可互操作的植物标识符，使其在整个实验生命周期中始终与结构化元数据保持关联。在回顾常见UID策略的基础上，PlantID推荐一种精简的语义UID结构，兼顾人类可读性、可扩展性以及与自动化工作流程的兼容性，同时可适应多样化的实验设计。为促进采用，我们开发了开源PlantID标签设计器，支持生成人类可读标签以及机器可读的二维码和条形码。通过推广一致的UID和元数据实践，PlantID补充了MIAPPE和FAIR标准，以改善样本可追溯性、增强数据互操作性，并提高植物表型数据集的长期价值和可重用性。