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中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队开发了家畜全基因组等位基因特异性表达分析新方法,解码猪基因表达调控密码,相关研究发表在Genome Biology上。团队分析了6020份猪转录组数据,覆盖34个品种、42种组织,发现猪基因组中存在超30万个等位基因特异性表达位点,为猪精准育种和功能基因组学研究提供数据支撑。

近日中国农业科学院农业资源与农业区划研究所联合多家协同单位，针对我国南方灌区土壤酸化加剧、制约水稻产能提升的产业痛点，系统揭示了氮沉降、作物吸收、酸雨输入、有机酸代谢「四维」驱动机制，提出分区分类的改良对策。该研究为南方红壤区酸化耕地治理与产能提升提供原创理论与靶向技术支撑。依托中国农科院集中突破机制，研究成果已在江西、湖南、广东三省红壤区开展田间试验示范，为保障国家口粮绝对安全和南方灌区绿色发展贡献农科方案。

原文标题: Artificial Intelligence Empowering Modern Agricultural Biological Breeding。作者: 徐启玉、郑波、钟上威（北京大学现代农业研究院、潍坊市科技创新促进中心、北京大学生命科学学院）。DOI: 10.12133/j.smartag.SA202602016。本文系统探究AI驱动植物育种范式变革的底层逻辑，梳理智慧育种的代际演变及其在表型解析、基因组预测和分子设计等关键环节的技术进展，并深入探讨育种大模型对育种全流程的重构作用，以期为中国种业科技实现自立自强提供理论参考。重点阐述AI在种质资源高效挖掘、高通量表型精准解析、全基因组选择模型预测及分子设计育种等关键环节的技术逻辑与实证案例，并针对跨学科数据壁垒、深度学习算法的可解释性不足、复杂变动环境下的模型泛化能力弱等核心挑战进行了深入分析。

中国农业科学院植物保护研究所李方方、周雪平研究员团队创新构建翻译抑制-转录激活（TI-TA）病毒响应型合成免疫模块，精准靶向依赖亚基因组RNA增殖的正链RNA病毒，可在不干扰作物正常生长发育的前提下智能启动抗病毒防御；为番茄、烟草等重要农作物抗RNA病毒育种提供全新可编程技术工具，也为植物病毒病害绿色防控开辟新思路；研究成果发表于Science子刊Science Advances。

近日中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队联合多家单位，成功构建了面向猪的轻量型基因组语言模型及多任务评测平台，实现对猪基因组功能区域的高效精准预测。采用'突变优先学习'策略，模型在多项任务上的性能接近甚至超过部分超大参数模型。

中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队开发了一套家畜全基因组等位基因特异性表达分析新方法,解码猪基因表达调控密码。团队分析了公共数据库中6020份猪转录组数据,覆盖34个品种、42种组织,发现猪基因组中存在超30万个等位基因特异性表达位点,且不同组织、不同品种间差异显著。西方瘦肉型猪集中在生长和产肉相关基因,中国地方猪集中在脂肪沉积和繁殖相关基因。相关数据和方法已完整开源。研究成果发表在《基因组生物学(Genome Biology)》上。

中国农业科学院农业资源与农业区划研究所毕业生罗媛博士、助理研究员王静为论文第一作者,魏海雷研究员为论文通讯作者。研究首次从'环境—微生物—植物'三元互作界面解析了PGPR重要基因元件的功能调控网络,提出了'全局调控因子—功能基因簇—环境响应'的协同作用模型。GacS通过调控鞭毛蛋白基因fliC的表达影响细菌运动能力、调节植物免疫激发;通过调控phl合成基因簇促进2,4-DAPG的产生,重塑微生物互作格局。论文发表于Microbiome。

广东省农科院果树所刘海伦、严倩和黄华团队在荔枝抗霜疫病分子调控研究方面取得新进展,揭示荔枝 Hap3-LcOMT1-PTOX 调控模块介导的抗霜疫病机制。依托国家荔枝种质资源圃(广州)对全球 288 份荔枝种质开展连续两年抗性评价,筛选出稳定高抗种质'裕荣';通过广靶代谢组分析鉴定到木脂素类代谢物鬼臼毒素(PTOX)显著抑制荔枝霜疫霉菌增殖。群体序列分析显示 LcOMT1 启动子存在 3 种单倍型,Hap3 启动子区含 773 bp 大片段插入,富集多个抗病响应元件。成果发表在《分子园艺(Molecular Horticulture)》。